DDr. Gerbert Schwaighofer studierte Sozial- und Wirtschaftswissenschaften sowie Rechtswissenschaften in Wien, wo er 1978 promovierte. Ein postgradualer Studiengang zum Master of Business Administration an der INSEAD, Fontainebleau, in Frankreich folgte. Nach mehreren Positionen in der Privatwirtschaft in Köln, Genf, New York und Linz war Schwaighofer zehn Jahre lang als Kaufmännischer Direktor des Landestheaters Linz und des Bruckner Orchesters und anschließend als Geschäftsführer für Graz 2003 – Kulturhauptstadt Europas tätig. Es folgten zehn Jahre als Kaufmännischer Direktor der Salzburger Festspiele.
Mit 1. Jänner 2012 hat Schwaighofer die Leitung des Schwerpunktes Wissenschaft & Kunst übernommen, einer Kooperation der Paris Lodron Universität Salzburg und der Universität Mozarteum. Schwaighofer war außerdem Vorsitzender des Universitätsrates der Universität Mozarteum.